自分はWeb系の仕事の場合、打ち合わせは直接会って行うことが多いですが、その後の作業は会う必要が少なく、自分も含め仕事仲間の多くはそれぞれのオフィスや自宅で進めることになります。
「ひとつの仕事を一緒に進めつつもそれぞれ仕事をする場所が異なる」というスタイルは長いことやっているので慣れたんですが、そういった「対面で会う機会が少ない仕事仲間と一緒に仕事をうまく進めるコツ」はいくつかあると思います。
自分の場合は「仕事仲間とのテンションが近い」と、気持ち的に仕事を進めやすいと感じることが多いです。
そのためにたとえばメールの文章から自分と相手との空気感を感じつつ、できるだけポジティブな感じが伝わるように書いたりするようにしています。
直接言葉を交わすことが少ないぶん、文章でいろいろな意図や雰囲気を良い感じにもっていくように考えて書くことが多いです。
逆に言えば、自分がいろいろ考えてポジティブな方向にもっていこうとしても、暖簾に腕押しのような感じの返信や対応だったりするとちょっと残念だったりします。
一方で同時に、自分の対応や返し方に問題がなかったかとも省みるようにしています。自分のことって知らず知らずのうちに棚に上げてしまいがちになるので、「ひょっとしたら相手の立場からすると同じテンションにはなれない事情があるのかも」と考えたりとかですね。
個人的には電話よりもメールでいろいろ進められた方が都合が良かったりするので（昔はそうでもなかったんですが変わるもんですね）、メールやメッセージのやり取りにはけっこう気を使うようにしています。